Slottets sydfløj opførtes i 1550-52 først og fremmest til bolig for kong Christian 3. og hans dronning Dorothea.
Ved restaureringen er det ikke tilstræbt at gengive sydfløjen dens etager; ruinen er udstillet som et udtryk for en dramatisk episode i slottets og hele rigets historie. De høje limtræssøjler står på nye fundamenter, nedlagt i fløjens kælder; de rækker op gennem alle etager og bærer tagkonstruktionen. Etageadskillelserne, som man ved restaureringen har valgt at lægge ind, bæres af søjlerne. Den træspånbeklædte sydvæg er ophængt i tagkonstruktionen.
De tre gangbroer af stål hænger i tagkonstruktionen og tjener samtidig som modvægt til sydvæggen.
Sydfløjen tjener som hjemsted for de store skiftende udstillinger af internationalt format, som i de seneste år har gjort Koldinghus kendt videnom.